Aarhus University Seal / Aarhus Universitets segl

Kemisk DNA-syntese i flow – hurtig adgang til modificerede oligonukleotider

Ph.d.-forsvar, fredag den 25. september 2020. Alexander Sandahl.

25.09.2020 | Mie Meulengracht Christensen

Alexander Frederik Sandahl

Automatiseret kemisk oligonukleotidsyntese har fundamental betydning for produktion af primere for PCR, for oligonukleotid-baseret medicin og talrige andre bioteknologiske anvendelsesområder. Den yderst optimerede kemiske oligonukleotidsyntese benytter phosphoramiditer som fosfat-byggesten og en af de største problemer ved teknologien er den lave stabilitet af phosphoramiditerne. Teknologien blev færdigudviklet sidst i 1980’erne og har hovedsageligt set ikke ændret sig siden.

I løbet af Alexander Sandahls Ph.D. studie blev en flowbaseret metode udviklet, hvor syntesen af phosphoramiditerne opnås med kvantitativt udbytte i løbet af få minutter uden behov for oprensning af phosphoramidit-produkterne inden de blev anvendt direkte under automatiseret oligonukleotidsyntese. Sterisk hindrede såvel som redox-ustabile phosphoramiditer blev syntetiseret med denne teknologi og de efterfølgende koblingsreaktioner er nær-kvantitative i udbytte for de fleste substrater. Visionen for denne teknologi ville være direkte inkorporering i DNA syntesemaskiner. Derved undgår man manuel syntese og opbevaring af phosphoramiditerne.

Dette projekt vil blive præsenteret i løbet af forsvaret sammen med andre projekter relaterede til fast-fase kemi.

Ph.d.-graden blev opnået ved det Interdisciplinært Nanoscience Center (iNANO), Det Naturvidenskabelige Fakultet, Aarhus Universitet.

Dette resumé blev lavet af den Ph.d.-studerende.

Tid: Fredag den 25. september 2020 kl. 13.15
Sted: Grundet Covid-19 er kun et begrænset antal deltagere tilladt fysisk på iNANO. For at modtage et link til forsvaret, sendes en mail til Ole Aalund Mandrup, oam@inano.au.dk  

Afhandlingens titel: Metodeudviklinger i fast-fase kemi: Nemmere adgang til syntetiske oligonukleotider og oligo(disulfider)
Kontaktinfo: Alexander Sandahl, e-mail: Asandahl@inano.au.dk, tlf.: +45 2567 4905
Bedømmelsesudvalg:
Professor Thomas Carell, Fakultät für Chemie und Pharmazie, Ludwig-Maximilians-Universität München, Tyskland
Professor Jesper Wengel, Institut for Fysik, Kemi og Farmaci, Syddansk Universitet, Danmark
Lektor Frans Mulder, iNANO og Institut for kemi, Aarhus Universitet (Formand)
Hovedvejleder: Professor Kurt V. Gothelf, iNANO og Institut for kemi, Aarhus Universitet, Danmark

Sprog: Ph.d.-afhandlingen forsvares på engelsk

Forsvaret er offentligt. 

Pga. situationen med coronavirus vil afhandlingen ikke ligge til gennemsyn på ph.d.-administrationens kontorer. I stedet kan interesserede rette henvendelse via følgende e-mailadresse: gradschool.nat@au.dk og få en digital kopi af ph.d.-afhandlingen. Bemærk, at i særlige tilfælde kan det være nødvendigt at indgå individuel aftale om gennemsyn af ph.d.-afhandlingen.

PhD defence