Moderne DNA-sekventering genererer enorme mængder genetiske data, hvilket gør det muligt at studere evolutionære processer i hidtil uset detaljeringsgrad. At omsætte disse data til pålidelig biologisk indsigt kræver imidlertid statistiske metoder, der ikke blot er matematisk velfunderede, men også robuste, gennemsigtige og praktiske at anvende.

I sit ph.d.-projekt har Janek Sendrowski udviklet nye metoder og tilhørende software til at inferere naturlig selektion og populationshistorie ud fra genetiske data. Arbejdet fokuserer på at forbedre pålideligheden af metoder til analyse af genomdækkende data med særlig vægt på samspillet mellem demografiske kræfter såsom ændringer i populationsstørrelse og naturlig selektion.

En del af afhandlingen introducerer fastDFE, et softwareframework til estimering af fitness-effekterne af nye mutationer. Frameworket muliggør komparative analyser af naturlig selektion på tværs af arter og anvendes her på et storskala primat-genomisk datasæt. En anden del præsenterer PhaseGen, et værktøj til beregning af eksakte populationsgenetiske størrelser under komplekse populationshistorier, hvilket muliggør mere præcis inferens af populationsdynamik over tid.

Et centralt tema i projektet er robust softwareudvikling. Værktøjerne er designet med fokus på reproducerbarhed, klar dokumentation og beregningsmæssig effektivitet, hvilket reducerer risikoen for fejl og gør dem mere tilgængelige for forskningsmiljøet.

Ph.d.-graden er gennemført ved Bioinformatics Research Centre (BiRC), Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Faculty of Natural Sciences, Aarhus Universitet.

Dette resumé er udarbejdet af den ph.d.-studerende.

Tid: mandag, den 16. marts kl. 13.15
Sted: bygning 1872, lokale 347, Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet
Afhandlingens titel: Robust Inference Software in Population Genetics
Kontakt: Janek Sendrowski, e-mail: sendrowski.janek@birc.au.dk
Medlemmer af bedømmelsesudvalget:
Anastasia Ignatieva, Institut for Statistik, University of Oxford
Anders Albrechtsen, Institut for Biologi, Københavns Universitet
Esben Lorentzen (forperson), Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet
Hovedvejleder: Thomas Bataillon, Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet
Medvejleder: Asger Hobolth, Institut for Matematik, Aarhus Universitet
Sprog: Ph.d.-afhandlingen forsvares på engelsk.

Forsvaret er offentligt.
Afhandlingen ligger til gennemsyn hos Graduate School of Natural Sciences (GSNS), Ny Munkegade 120, bygning 1521, 8000 Aarhus C